Para 1993-1994 se deshace de jugadores importantes como Alberto Coyote a Guadalajara y Guadalupe Castañeda camiseta portugal cr7 a Cruz Azul. 1980-81 sigue la crisis del equipo al terminar con 31 puntos en el antepenúltimo, como entrenador estuvo primero Alberto Resquín y luego Alberto Etcheverry, el mejor hombre fue Concepción Rodríguez con 9 tantos. En el invierno de 1997 se le dio la continuidad a Carlos Reinoso como técnico y el equipo se reforzó con jugadores como, Hernán Medford, Alberto «Guamerú» García, Flavio Davino, Everaldo Begines, el balcánico Dajan Batrovic, Roberto Medina y el veterano arquero Adrian Chavez, conduciendo al equipo a conseguir el liderato general con 32 puntos producto de 9 triunfos, 5 empates y solo 3 derrotas, siendo la mejor ofensiva del torneo con 30 goles, curiosamente fue un defensa, Sigifredo Mercado, el goleador del equipo con 7 anotaciones. El goleador del equipo fue Cabinho con 18 goles. 1982-83 inicia el entrenador Juan Ricardo Facio, pero al llevar 0 ganados 3 empates y 6 derrotas es cesado por Sergio Anaya por 2 cotejos donde sale con un punto, antes de la jornada 11 llega por cuarta vez al relevo Gomes Nogueira que por fin consigue el triunfo en la jornada 12 cuando derrotan los leoneses 3-2 a Tigres de visitantes, los goles son obra de Zizinho 2 y Rubén Omar Romano.
1981-82 esta campaña estuvo muy cerca de descender con cuatro técnicos primero Walter Ormeño seguido de Salvador «Chavicos» Henríquez, luego Agustín Santillán «Peterete» que fue destituido luego de sumar 4 empates seguidos a 0, llegó Arpad Fekete en la fecha 18 que salvo al equipo cuando logró rescatar 3 puntos para dejarle ese problema de la liguilla por el no descenso al Atlas y Tampico Madero. En ese momento el equipo llegaba a 32 puntos mismos que tenía el Necaxa pero superando a este por mejor diferencia de goles, al día siguiente el domingo 17 de mayo el Necaxa enfrenta a la UdeG en el estadio Jalisco, el equipo electricista necesitaba un punto para librar el descenso, el juego lo ganaba la UdeG con gol de Víctor Rodríguez y así terminó el primer tiempo la afición leonesa albergaba esperanzas de la salvación pero a los 10 minutos del segundo tiempos José Luis «Pareja» López anotaba el empate que significó el primer descenso del club en su historia rompiendo 43 años de permanecer en primera división. ↑ En 1990, un empate al comienzo de la fase de clasificación para la Eurocopa 1992 ante la selección norirlandesa en Belfast, hizo que no se clasificara por un punto de diferencia frente a la selección yugoslava.
Con la creación de los torneos cortos en México, llegó para el equipo una época por de más discreta y hasta cierto punto frustrante para la afición leonesa, ya que con el pasar de cada justa el equipo era reforzado con jugadores de experiencia pero no lograba, a excepción del Invierno 97, regularidad ni el acceso a la liguilla. 1984-85 este fue el último equipo exitoso antes de su descenso cuando Arpad Fekete dirige todo el torneo ubicando a los esmeraldas en octavo lugar con 42 puntos, producto de 12 triunfos, 18 empates y 8 derrotas, califica a liguilla después de 9 años enfrenta en cuartos de final a U de G y gana el de ida 1-0 con gol de Cabinho, en la vuelta pierde 2-1 el gol fue de Cabinho, León define la serie en penales 7-6, así llega a semifinal contra el Club Universidad Nacional el de ida fue un 3-3, goles de León, Juan Pablo Muciño, Carlos Eusebio y Cabinho, en la vuelta cae 2-0 en el olímpico 68. Evanivaldo Castro consiguió el título de goleo individual con 23 goles.
Este ganó la competición al derrotar a la Fiorentina por 2-1 en la final de 2023, convirtiéndose en el primer equipo en terminar la competición invicto, con 12 victorias y un empate. La final fue contra Cruz Azul el primer cotejo fue el 12 de junio en León empatando 1-1 goles de Albrecht y Fernando Bustos por los azules, el de vuelta el 17 de junio en el estadio Azteca con un empate 0-0, de nueva cuenta se requería un tercer juego de desempate que se realiza de nuevo en Puebla el 19 de junio los guanajuatenses son derrotados 2-1 goles de Javier Guzmán y un autogol de Jorge Davino, por León descontó Salomone. 1974-75 Jorge Davino es traspasado a los Cachorros del Potosino, mientras se contrató a Daniel Mantegazza y a Osvaldo Batocletti, para esta campaña inicia de entrenador Sergio Anaya, y luego fue relevado por el uruguayo Washington Etchamendi que llevó al equipo a repuntar para conseguir el quinto liderato general producto de 21 triunfos, 9 empates, 8 derrotas, 70 goles a favor por 50 en contra con 51 puntos, el goleador leonés fue Salomone con 19 tantos.